Вступая в должность, И. Ф. Никишов сказал: «Первый вопрос. Я хочу с вами поделиться тем впечатлением, которое на меня произвело назначение сюда, а главным образом личная беседа с т. Сталиным и Молотовым со мной перед отъездом. ...Я не представлял такого огромнейшего масштаба работы... в смысле задач Дальстроя, которые он имеет для Советского Союза. ...Ни одна организация не получает столько ценностей, оборудования, материалов, продовольствия, как ДС... Ни одна организация не пользуется такой привилегией, как ДС, которую снабжают из фондов вооруженных сил страны. Для ДС шлют машин столько, сколько они захотят. В этом году, особенно в III кв., единственная организация, которая получила машины из всех хозяйственных организаций, — это Дальстрой, потому что все машины были направлены в армию».
Вместе с И.Ф. Никишовым в Магадан была направлена группа политработников, в основном пограничников, которые стали надежной опорой в его работе. И.К. Сидоров стал начальником Политуправления Дальстроя; В.Ф. Белов – зам. начальника Политуправления, в 1940 был избран первым секретарем Магаданского горкома ВКП/б; А.П. Сенатов, в годы войны руководил Южным, а затем Западным горнопромышленными управлениями; А.Д. Туманов – возглавлял Северное горнопромышленное управление; С.В. Марков – возглавлял Управление автотранспорта Дальстроя. С приездом нового руководства обстановка в Дальстрое во многом оздоровилась.
Были пересмотрены дела многих осужденных и находившихся под следствием дальстроевцев, подвергнувшихся репрессиям в 1937-1938 годах. Многие из них были освобождены, восстановлены в партии и вновь приняты на работу. Было закрыто дело о вредительстве в Омолонской геологической экспедиции, первооткрыватели золота Колымы геологи С.В. Новиков и Ф.К. Рабинович смогли выехать в Ленинград для научной обработки материалов.
