Согласно вновь утверждённому списку номенклатурных должностей руководящего звена горнодобывающей промышленности, Северное управление возглавил В. А. Флоров, Западное — М. С. Краснов, Южное — А. Д. Батов, Юго-Западное — И. А. Ткачёв.
Прибыл он в Магадан 12 декабря 1939 года на пароходе «Феликс Дзержинский». До отъезда на Колыму он был принят в Кремле И. В Сталиным.
Вступая в должность, И. Ф. Никишов сказал: «Первый вопрос. Я хочу с вами поделиться тем впечатлением, которое на меня произвело назначение сюда, а главным образом личная беседа с т. Сталиным и Молотовым со мной перед отъездом. ...Я не представлял такого огромнейшего масштаба работы... в смысле задач Дальстроя, которые он имеет для Советского Союза. ...Ни одна организация не получает столько ценностей, оборудования, материалов, продовольствия, как ДС... Ни одна организация не пользуется такой привилегией, как ДС, которую снабжают из фондов вооруженных сил страны. Для ДС шлют машин столько, сколько они захотят. В этом году, особенно в III кв., единственная организация, которая получила машины из всех хозяйственных организаций, — это Дальстрой, потому что все машины были направлены в армию».
В подчинении Никишова была вся сеть лагерей Магадана и Колымы, Чукотки, побережья Охотского моря, бассейна реки Яна в Якутии. Эта территория составляла около 10 % от всей площади СССР. Численность заключенных в лагерях Дальстроя колебалась от 100 тысяч до 200 тысяч человек. Все советские органы на этой территории находились в прямом подчинении Никишова, который подчинялся только Народному комиссару внутренних дел СССР и лично И.В.Сталину. Выполнял указания руководства органов внутренних дел по ужесточению режима содержания заключенных, беспощадной эксплуатации их труда, применения жестких карательных мер. На протяжении всей его работы на Колыме сохранялась высокая смертность заключенных.
