Первыми сотрудниками, принятыми на службу в ОМОН стали наиболее профессионально подготовленные сотрудники отдельной роты специального назначения при УВД Магаданской области и роты патрульно-постовой службы ОВД г. Магадана. Наряду с подготовленными сотрудниками на службу принимались и гражданские лица, проходившие службу в элитных родах войск, имеющих отличную физическую подготовку, при этом в связи с особым характером службы учитывались и морально-психологические качества кандидатов.
Первым командиром нового спецподразделения стал Владимир Сивоволов, ветеран Афганистана с богатым боевым опытом. Он возглавлял отряд до августа 1994 года и внес весомый вклад в его становление. За весь период существования ОМОН сменил нескольких командиров: Валерий Горбань, Игорь Загорский, Андрей Белозерцев, Николай Терехов. Каждый из них внес свою лепту в укрепление престижа и боевого духа отряда, сохранение его традиций.
В 2016 году, когда ОМОН перешел в состав Федеральной службы войск национальной гвардии, подразделение возглавил полковник полиции Александр Харламов.
За период существования личный состав магаданского ОМОН внес большой вклад в борьбу с преступностью, принимал активное участие в проведении на территории Магаданской области широкомасштабных операций «Вихрь – Антитеррор», «Арсенал», «Розыск» и других. Ежегодно бойцы подразделения совместно с другими правоохранительными органами выполняют задачи при проведении оперативных мероприятий в сфере незаконного вылова биоресурсов и недропользования. Оказывают силовую поддержку сотрудникам региональных подразделений МВД, ФСБ, СК России, Пограничного управления при проведении специальных операций и следственных действий.
Сотрудниками ОМОН обеспечивается правопорядок при проведении массовых культурных, праздничных мероприятий, выборов в местные органы самоуправления, а также безопасность прибывающих в область правительственных делегаций, охраняемых лиц. Для этого в отряде большое внимание уделяется повышению уровня профессиональной подготовленности, устойчивости к деятельности в нестандартных, экстремальных условиях, связанных с риском для жизни.
С 1995 по 2017 год личный состав ОМОН выполнял задачи по защите конституционного строя, прав и свобод граждан далеко за пределами Колымы – на территории Северо-Кавказского региона. Сотрудники неоднократно участвовали в специальных операциях по выявлению членов незаконных вооруженных формирований и уничтожению мест хранения оружия, боеприпасов и взрывчатых веществ. Уровень подготовки и качество выполняемых сотрудниками отряда задач неоднократно отмечались командованием объединенной группировки войск в Чеченской республике.
Совершенствуя методы работы по захвату преступников, освобождению заложников, ликвидации незаконных бандформирований за время служебных командировок личный состав ОМОН приобрел отличные профессиональные навыки, опыт работы в боевых условиях и добился высоких результатов. За мужество, героизм, стойкость и высокое чувство ответственности при выполнении служебно-боевых задач в Северо-Кавказском регионе большая часть сотрудников Отряда отмечена правительственными и ведомственными наградами: Орденом Мужества – 21 сотрудник, из них 2 сотрудника – дважды, медалью ордена "За заслуги перед Отечеством" – 19 сотрудников, медалями: "За отвагу" – 34 сотрудника, "За отличие в охране общественного порядка" – 33 сотрудника, "За доблесть в службе" – 40 сотрудников, "За боевое содружество" – 10 сотрудников.
За все время командировок в «горячие точки» магаданский ОМОН не потерял ни одного бойца.
