Вскоре все предварительные работы были выполнены и началось возведение подсобных помещений (для рабочих-заключенных), расчистка причальной площади и постройка первого деревянного причала-ряжа размером 21,12x12,4 м, высотой 15,9 м. Спустя 11 месяцев причальная площадка охватывала территорию в 20 тыс. м2.
Вступил во временную эксплуатацию первый причал, к которому 6 декабря 1933 г. пришвартовался пароход "Уэлен". Окончательное строительство его было завершено 4 июня 1934 г. Затем вступили в строй второй и третий причалы.
Через два года порт получил официальный статус: постановление Совнаркома СССР от 29 июня 1936 г. определило: "Считать Нагаево (Охотское море) портом Ш разряда, возложив административное управление указанным портом на дирекцию гостреста "Дальстрой".
Обязать НКвод СССР включить порт в список портов СССР". С середины 30-х гг. к причалам порта в бухте Нагаева стали подходить самые большие суда Тихоокеанского бассейна - закупленные в Голландии пароходы "Джурма", "Кулу" и "Ягода", входившие в состав тогда же сформированного морского флота Дальстроя.
Позднее к ним присоединились и другие, среди которых были пароходы "Николай Ежов" и "Индигирка", теплоход "Советская Латвия". В годы Великой Отечественной войны Нагаев-ский порт стал важным стратегическим пунктом на берегу Охотского моря.
Например, только в 1943 г. он переработал 354 тыс. т грузов. В то же время суда Морфлота Дальстроя занимались перевозкой грузов по поставкам ленд-лиза из портов США. Сразу после окончания войны порт стал расширяться.
В 1952 г. здесь был смонтирован первый портальный кран грузоподъемностью 41,5 т, построены два капитальных склада и автовесовая.
На следующий год грузооборот порта уже составлял более 500 тыс. т в навигацию. В 1957 г., после упразднения Дальстроя, порт перешел в ведение Дальневосточного морского пароходства 25 мая 1963 г. впервые в истории порта ледокол "Москва" осуществил зимнюю проводку судов, чем положил начало круглогодичной проводке судов. 16 мая 1977 г. порт Нагаево был переименован в Магаданский морской торговый порт.
За успехи в ускорении обработки судов и широкое внедрение передовой технологии погрузочно-разгрузочных работ Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 апреля 1981 г. Магаданский морской торговый порт был награжден орденом "Знак Почета". В 1995 г. порту был присвоен статус международного.
