Погибли от 695 до 745 человек , в том числе: все подследственные, 5 конвоиров и 4 члена экипажа (по другим данным, в катастрофе погибло от 741 до 1066 человек, в подавляющем большинстве — заключённые), 428 спасены японцами. Спасённые с «Индигирки» первоначально были доставлены на японский берег, а потом вывезены во Владивосток, погибшие похоронены у пос. Саруфуцу, где им в 1971 г. установлен памятник.
В апреле 1940 г. капитан Н. Л. Лапшин, старпом Т. М. Крищенко, второй помощник капитана В. Л. Песковский и начальник отделения ВОХР сержант И. П. Копичинский предстали перед Военным трибуналом Тихоокеанского флота. Основные обвинения им были предъявлены по ст. 59-3 УК РСФСР («нарушение работниками транспорта трудовой дисциплины»). В результате Крищенко, Песковского и Копичинского приговорили к различным срокам заключения, а Лапшина — к высшей мере наказания. 25 июня 1940 г. он был расстрелян.
