В 1991 году окончил Иркутский сельскохозяйственный институт по специальности «Агрономия». В 2010 году – Московский государственный университет путей сообщения по специальности «Экономика и управление на предприятии». Также прошел повышение квалификации в Финансовой Академии при правительстве Российской Федерации, Российской академии путей сообщения ФГБ ОУ ВПО МИИТ и ряде других учебных заведений.
Трудовую деятельность начал в 1989 году в должности лаборанта Иркутского сельскохозяйственного института. В начале 90-х трудился налоговым инспектором в налоговой инспекции Иркутской области.
До начала 2000-х годов руководил в Иркутске различными коммерческими организациями. С 2005 по 2009 годы был первым заместителем генерального директора – главным инженером ООО «Аэроэкспресс» в Москве.
С 2009 по 2013 – работал в ОАО «РЖД» в должностях замначальника службы технологического развития, главного инженера дирекции железнодорожных вокзалов. В середине 2018 года занял должность управляющего директора ООО «Сергиево-Посадский МПК».
Алексей Шуганцев женат, отец двух детей.
