Круглогодичное авиатранспортное и автомобильное сообщение налажено между Магаданом окружными центрами, национальными селами Ольского и Северо-Эвенского районов, санаторным комплексом «Талая». Автобусами можно попасть из областного центра в Олу, Армань, Клепку, Палатку, Талую, Усть-Омчуг, Омчак, Сусуман, Синегорье, Омсукчан, Сеймчан. Этим занимаются три компании - ООО «АТП «Снежное», ООО «Маршрут-Авто» и ООО «Маршрут-Центр». Вместе они выполнили за год 5028 рейсов.
Усилиями Министерства с 2011 года обновляется парк автобусов. В 2016 году закуплено два автобуса малого класса, и по одному среднего, повышенной проходимости, школьный и пассажирский. Кроме того, в 2016 году выдано 81 разрешение на транспортное обслуживание населения легковым такси (в 2015 году - 24 разрешения).
Чтобы сделать перелеты внутри региона на местных воздушных линиях более доступными, выделяются субсидии из областного бюджета. В 2016 году полеты были организованы по 9 направлениям: в Северо-Эвенский, Среднеканский, Сусуманский, Омсукчанский и Ольский округа. Перевозками занимаются ООО «Сибирская Легкая Авиация»» в Сусуман, Омсукчан, Сеймчан на самолетах Ан-28, АО «ИрАэро» в Эвенск - на самолетах Ан-24 и ОАО НПК «ПАНХ» в Ямск, Тахтоямск, Эвенск, Тополовка, Верхний Парень, Гижига - на вертолетах Ми-8Т.
С 1 апреля до 31 октября внутри области применялся спецтариф со скидкой в 50% для перевозки молодежи до 24 лет, мужчин старше 55 лет, женщин от 50 лет. Из выполненных 648 авиарейсов, которыми летало 16,3 тыс. пассажиров, спецтарифом воспользовалось 3,9 тыс. человек (в 2015 году на 613 авиарейсах перевезено 15,5 тыс. пассажиров, по специальному тарифу - 3,7 тысячи).
В 2016 году субсидии выделялись также на перелеты пассажиров по специальным тарифам из Магадана в Москву, Санкт-Петербург, Новосибирск, Хабаровск, Симферополь и Петропавловск – Камчатский, перевезено 28,6 тысяч человек (в 2015 году - 23,7 тыс. пассажиров).
Министерство также выдает разрешения на проезд тяжеловесного и крупногабаритного транспорта по региональным и межмуниципальным дорогам. В прошлом году было выдано 19, в 2015 году - 33 разрешения. Раз в неделю вместе с ГИБДД Управление эксплуатации и строительства дорожно-транспортного комплекса проводит рейды для проверки их наличия и при необходимости взвешивает автомобили с помощью Пункта передвижного весового контроля.
Для снижения финансовой нагрузки на перевозчиков принято постановление Правительства региона «О некоторых вопросах определения размера вреда, причиняемого транспортными средствами, осуществляющими перевозки тяжеловесных грузов по автомобильным дорогам регионального или межмуниципального значения Магаданской области». Им до 31 января 2018 года временно введен коэффициент для расчета размера этого вреда, - от 0,016 до 0,6 в зависимости от превышения допустимых осевых нагрузок на ось и (или) массы автомобиля.
