МАГАДАН. КОЛЫМА-ИНФОРМ. 3 декабря 1937 гоада, за день до отъезда из Магадана Э. П. Берзин подписал свой последний приказ № 391, в котором говорилось: «Прибывшего из НКВД СССР, назначенного моим заместителем... тов. Павлова считать прибывшим к месту службы и приступившим к работе с 1 декабря 1937 года».
После заявления Э. П. Берзина о выезде на «материк» принимается заключение: «Рассмотрев дело и предъявленные документы об увольнении тов. Берзина Э. П. на спецлечение по 29.03.1938 г., предлагаем 3 месяца командировки и отпуск с возвратом в Нагаево...».
4 декабря. Э. П. Берзин выезжает с Колымы в отпуск.
Берзина арестовали 8 февраля 1938 года на подмосковной железнодорожной станции. С этого момента его деятельность на посту директора государственного треста «Дальстрой» была прекращена. В этой должности он находился с 5 февраля 1932 г. по 3 декабря 1937 г., и за пять лет его деятельности на Колыме был создан новый промышленный район страны, ставший поистине валютным цехом СССР Много позже стало известно, как было сфабриковано дело Берзина и Колымской антисоветской повстанческой организации. По поручению органов НКВД некто Семенов, бывший профессор обществоведения из Ростова-на-Дону, осужденный за троцкизм, стал автором этого «дела», в котором он обосновывает обвинения Берзина в том, что с его ведома пароходами отправляли золото для финансирования контрреволюционной деятельности, создания повстанческой армии с целью отторжения Северо-Востока России в пользу Японии.
Гуманное отношение Берзина к заключенным тоже было расценено как вредительский шаг. Одно из предъявленных обвинений гласило: «нарушение минимальных основ лагерного режима, установление одинаковой платы з/к и вольнонаемным и целый ряд вопиющих нарушений привели к разложению лагеря и срыву трудовых навыков и норм».
Семенов, сделав свое подлое дело, позже повесился, а следствие по делу шло в течение 7 месяцев и закончилось оно расстрелом Э. П. Берзина в августе 1938 года. Лишь в 1956 году его реабилитировали. В 1961 году прииск Верхний Ат-Урях на Колыме переименовали в прииск имени Берзина. В Магадане его именем назвали улицу на 31-м квартале, в 1988 году там же на здании школы № 15 появилась мемориальная доска в честь первого директора «Дальстроя». И как дань уважения одному из руководителей строительства будущего города Магадана перед зданием мэрии города в 1989 году был установлен бюст Э. П. Берзину.