МАГАДАН. КОЛЫМА-ИНФОРМ. 18 апреля 1938 года газета «Советская Колыма» опубликовала решение партийной комиссии при Политуправлении «Дальстроя» об исключении из рядов партии Э. П. Берзина и 21 его соратника. Газета также опубликовала статью О. П-вой «Борьба с троцкистско-бухаринским охвостьем не закончена. Ни малейшего ослабления бдительности!».
В декабре 1937 года после заявления Э. П. Берзина о выезде на «материк» принимается заключение: «Рассмотрев дело и предъявленные документы об увольнении тов. Берзина Э. П. на спецлечение по 29.03.1938 г., предлагаем 3 месяца командировки и отпуск с возвратом в Нагаево...».
Чуть позже выписка из протокола заседания партийной комиссии, где присутствовали «врио членов парткомиссии т. Метелев, Виноградов, Денисов», разъясняет: «Слушали: дело Берзина Э. П., урожденного в 1893 году, латыш, служащий, образование - окончил художественную Академию в Берлине, партстаж с 1918 года, партбилет № 0629023 образца 1926 года, в Красной Армии служил. Партвзысканий не имел. Содержание дела: Берзин Э. П., партбилет №0629023, возглавлял контрреволюционную шпионско-диверсионную троцкистскую организацию на Колыме. За контрреволюционную диверсионно-вредительскую работу органами НКВД арестован. Постановили: Берзина Э. П., партбилет № 0629023, из рядов ВКПб исключить как врага народа». Далее следовала подпись врио ответсекретаря парткомиссии при политотделе Дальстроя Виноградова.
Берзина арестовали 8 февраля 1938 года на подмосковной железнодорожной станции. С этого момента его деятельность на посту директора государственного треста «Дальстрой» была прекращена. В этой должности он находился с 5 февраля 1932 г. по 3 декабря 1937 г., и за пять лет его деятельности на Колыме был создан новый промышленный район страны, ставший поистине валютным цехом СССР Много позже стало известно, как было сфабриковано дело Берзина и Колымской антисоветской повстанческой организации. По поручению органов НКВД некто Семенов, бывший профессор обществоведения из Ростова-на-Дону, осужденный за троцкизм, стал автором этого «дела», в котором он обосновывает обвинения Берзина в том, что с его ведома пароходами отправляли золото для финансирования контрреволюционной деятельности, создания повстанческой армии с целью отторжения Северо-Востока России в пользу Японии.