Архиепископ Гавриил (окормлявший тогда всю неразделенную еще на епархии Дальневосточную территорию) освятил место под строительство храма, в основание которого была заложена частица мощей великомученика Георгия Победоносца.
Стараниями первого епископа Магаданского (и временно Камчатского и Сахалинского) Аркадия храм был построен, и 2 февраля 1992 года – освящен в честь Сошествия Духа Святого на Апостолов, ясно указывая этим именованием свое предназначение… Епископ Аркадий подчеркнул, что этот храм – и память о великих жертвах, кровью которых обагрена земля Севера, и животворящее начало, без которого невозможно духовное возрождение…
Храм украсили иконами, которые подарил патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В 1995 году храм обогатился иконостасом с точными списками древних икон великих мастеров Андрея Рублёва и Даниила Чeрного из Троицкого собора Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. В 1996 году около собора возведена Иоaнно-Прeдтeчeнский крестильный храм. 1 сентября 2011 года, при освящении нового Магаданского Троицкого собора, Духосошeствeнский собор перестал быть кафедральным, но в то же время сохранил за собой наименование соборного храма.
