Инициативу возведения полноценной церкви Сошествия Святого Духа взял на себя епископ Магаданский Аркадий. В 1991 году архиепископ Благовещенский Гавриил освятил начало зарождения храма. В основание сооружения вложили частицу мощей Георгия Победоносца.
Епископ Аркадий подчеркнул, что этот храм – и память о великих жертвах, кровью которых обагрена земля Севера, и животворящее начало, без которого невозможно духовное возрождение…
Спустя год новую постройку уже торжественно освятили. В помещении работает книжная лавка и придел, где дополнительно совершают литургии.
Вскоре храм украсился иконами, которые даровал нам Святейший Патриарх Алексий, а в сентябре 1993 г. он сам побывал здесь по пути в США, в канун трагического октября, вместе с будущим своим преемником митрополитом Кириллом.
При епископе Ростиславе (он был на кафедре с декабря 1993 г. по декабрь 1998 г.) Свято-Духовский храм украсился прекрасным иконостасом – точным списком древних икон великих мастеров преподобного Андрея Рублева и Даниила Черного из Троицкого Собора Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. А в ноябре 1997 г. к нам прибыла Почаевская икона Божией Матери. Отныне каждый воскресный вечер горожане собираются на акафист перед этим чудотворным образом.
В храме имеется ковчег с мощами многих великих святых, иконы с частицами мощей преп. Серафима Саровского, древнего священномученика Харалампия, святителя Иннокентия Московского, просветителя Аляски и Сибири (по сути – нашего первого епископа, XIX в.), первоверховных апостолов Петра и Павла (дар американских православных священников, приезжавших в Магадан, они, в свою очередь, получили икону от Элладской (Греческой) Церкви), блаженной Матроны Московской.
