Первоначально состоял из студентов педагогического института. Организатор, художественный руководитель и балетмейстер – заслуженный работник культуры РФ Л.Б. Балдаева.
Ансамбль – лауреат премии Магаданского комсомола, лауреат Всесоюзных фестивалей народного творчества, дипломант ВДНХ СССР, участник различных культурных мероприятий, как российских, так и международных. В 1991 г. получил звание «народный», в 1993-м – статус профессионального коллектива.
Основная задача ансамбля – сохранение, сценическое развитие и пропаганда традиционного песенного и танцевального искусства народностей Крайнего Севера. С ансамблем хорошо знакомы зрители не только области, но и Хабаровска, Комсомольска-на-Амуре, Якутска, Москвы. В разные годы коллектив побывал с гастролями в Румынии, Польше, Германии, Японии, Франции, Швеции, Норвегии, выступал на Аляске (США) в рамках Дней культуры городов–побратимов Магадана и Анкориджа.
В конце 1995 г. Л.Б. Балдаева создала при ансамбле экспериментальную детскую школу–студию национального искусства народов Севера «Энэркэй» («Звездочка»), выпускники которой, по её замыслу, должны пополнить взрослый состав коллектива. С 1997 г. ансамбль работает в составе Магаданской филармонии. В этом же году солисту и балетмейстеру–постановщику «Энэра» С.Г. Дамбаеву было присвоено звание заслуженного артиста РФ. Артисты ансамбля – непременные участники всех торжеств и праздников в области, в российской столице, проводимых Министерством культуры РФ и Государственным Российским Домом народного творчества.
«Энэр» является лауреатом Всероссийских, международных фестивалей, конкурсов, обладателем золотой медали культурной программы Зимних Арктических игр в Канаде, а «Энэркей» – обладателем «Янтарного приза» Польского телевидения (1997) и дважды лауреатом Всероссийского фестиваля «Вслед за солнцем» (1999, 2002). В последние годы в репертуар ансамбля помимо фольклорного материала включаются произведения эстрадного характера, близкие к искусству коренных народов Севера. Очередной творческой победой коллектива стало осуществление постановки в 1999 г. – к 60-летнему юбилею Магадана – национального балета «Легенда Полярной звезды» («Легенда Унпэнэра») по мотивам романа «Восемь племен» выдающегося исследователя Крайнего Северо-Востока Азии В. Тана-Богораза. Это первый в мировой практике хореографического жанра классический балет на основе традиционной культуры коренных народов Севера.
В ноябре 2001 г. на базе ансамблей «Энэр» и «Энэркэй» Министерством культуры и Министерством по делам Федерации, национальной и миграционной политики была организована и проведена творческая лаборатория руководителей национальных ансамблей Сибири, Дальнего Востока и Русского Севера, в которой приняли участие представители 11 регионов России. По итогам лаборатории создан четырёхчасовой учебный фильм, который содержит методический материал по национальной хореографии, используется во всех северных регионах России. В 2003 г. ансамбль «Энэр» принял участие в праздновании Дня России и в гала-концерте «Душа России» в Москве. Руководителю ансамбля Л.Б. Балдаевой была вручена премия Министерства культуры РФ «Душа России».
В 2006 г. артистка «Энэра» Н. Сафронова удостоена премии губернатора «Лучшему хранителю национальных традиций малочисленных народов Севера» в номинации «Фольклорное пение», а в 2008 г. аналогичную премию получили артист А. Карабушев и балетмейстер А. Рябова.
