Затем началось строительство первого в городе храма. Это место стало первым центром учреждённой в 1991 г. Магаданской епархии. Сейчас здание первого прихода находится на территории Свято-Покровского женского монастыря. В 1991 г. епископ Магаданский Аркадий (Афонин) благословил на базе начатого строительства возводить корпус будущего женского монастыря, который бы включал в себя храм и жилые сестринские кельи. Монастырский комплекс был построен, начались богослужения, в которых первые послушницы принимали деятельное участие.
В 1993 г. на смену владыке Аркадию на кафедру был назначен епископ Ростислав, который при Покровском храме решил устроить мужской монастырь, а послушниц перевёл на клиросное послушание в кафедральном Духосошественском соборе. Однако план по созданию мужского монастыря не был осуществлён. Храм Покрова Пресвятой Богородицы на некоторое время стал приходским.
С прибытием на кафедру епископа Анатолия (Аксёнова) возобновились планы устроить при Покровском храме женский монастырь. Здесь образовалась женская община из пяти человек, желающих принять монашество, во главе с монахиней Софией (Постельняк). 6 октября 1999 г. Священный Синод Русской Православной Церкви благословил преобразовать Покровский приход в женский монастырь. Включает храм и сестринские кельи. С 2014 г. обязанности настоятельницы исполняет монахиня Надежда (Инькова). В монастыре находится местночтимая икона Пресвятой Богородицы – «Магаданская».
