История основания женского монастыря Покрова Пресвятой Богородицы тесно переплетается с созданием Магаданской и Чукотской епархии. Магаданская епархия начинает свою новую историю с 1989 года, когда в небольшом домике в микрорайоне Солнечный Магадана образовался приход Русской Православной Церкви. Сейчас здание первого прихода находится на территории Свято-Покровского женского монастыря.
На заседании Священного Синода Русской Православной Церкви, прошедшем под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II 6 октября 1999 года, благословлено преобразовать Покровский приход в Магадане в Покровский женский монастырь.
В Покровском монастыре находится местночтимая икона Пресвятой Богородицы - «Магаданская», изображающая Божию Матерь на престоле в окружении архангелов Михаила и Гавриила, в руках Богородицы свиток со словами «Спасение за прощением, прощение за покаянием».
