Иконы для храма, в т. ч. Иверский образ Божией Матери, написанный в XIX в. на Афоне, были переданы в дар патриархом Московским и всея Руси Алексием II.
В 1992-2011 гг. в этом храме находилась кафедра Магаданских архиереев.
В сентябре 1993 года, направляясь в США, Магадан посетил патриарх Алексий II, сопровождаемый Смоленским митр. Кириллом (Гундяевым; ныне Патриарх Московский и всея Руси). Патриарх отслужил молебен и заупокойную литию у Свято-Духовского храма о всех невинноубиенных в Колымском крае.
