Заповедник “Магаданский” был учрежден постановлением Совета Министров РСФСР № 5 от 05 января 1982 г. Он объединил уникальные природные комплексы Магаданской области. Впервые вопрос об его организации на севере Дальнего Востока России встал еще в далеком 1941 году.
В приказе по Дальстрою от 19 февраля 1941 года было поставлено несколько задач. Основные из них - в сжатые сроки выявить места для создания заповедника по флоре и фауне, заказников по белке, лисице и копытным, а также организовать на полуострове Кони заповедник для сохранения и разведения ценных пород пушного зверя, запретив охоту и рубку леса на территории.
Исполнителем приказа стал Охотско-Колымский краеведческий музей, являющийся центром научно-исследовательской и просветительской работы в Магадане. Уже в марте 1941 года Александр Хмелинин, будучи в то время директором музея, организует и проводит экспедицию на полуостров Кони. На лето 1941 года Хмелинин планирует вторую, более расширенную экспедицию, включающую повторное обследование полуострова Кони, а также еловых насаждений в районе реки Яма для "выяснения вопроса о необходимости создания Ямского заповедника Сибирской ели". Но осуществлению этих планов помешала Великая Отечественная война. А в 1949 году на уровне министерств началось наступление на заповедную систему страны, закончившееся в 1951 году ее разгромом.
Вновь к вопросу об организации заповедника на территории Магаданской области вернулись в 1970-х годах, когда в Институте биологических проблем Севера ДВНЦ АН СССР была организована лаборатория ландшафтоведения и охраны природы. Возглавил лабораторию Алексей Васьковский - известный геолог, географ, геоморфолог и натуралист. Будучи членом Президиума Магаданского областного Совета Всероссийского общества охраны природы, в 1974 году он выступил с инициативой создания Магаданского комплексного заповедника. Включению п-ова Кони в заповедник «Магаданский», несомненно, способствовало то, что Алексей Васьковский знал о попытках организации заповедника на полуострове и проводимых для этого исследованиях.
В декабре 1977 года все материалы и документы были направлены в Совет Министров РСФСР. Вопрос о создании заповедника «Магаданский» был решен уже после смерти Алексея Васьковского, 5 января 1982 года. При составлении проекта организации комплексного государственного заповедника «Магаданский» большую организационную работу провел Президиум Магаданского облсовета ВООП и Институт биологических проблем Севера ДВНЦ АН СССР. Над проектом заповедника работали ведущие специалисты ИБПС, СВКНИИ, Магаданского отделения ТИНРО и других организаций.
До 1982 года основная часть территории Магаданского заповедника оставалась малоизученной. Но с момента его организации интенсивность научных исследований возрастает: в разные годы на его территории работали исследователи из других институтов страны, а также республик бывшего СССР: ФГУП «МагаданНИРО», Биолого-почвенного института ДВО РАН (Владивосток), Камчатский филиал Тихоокеанского института географии ДВО РАН (Петропавловск-Камчатский), Тартуского университета (Эстония).
Для более полного представления всего многообразия природных зон, ландшафтов и животного мира региона заповедник создали на шести разрозненных территориях, объединенных в 4 участка, - Кава-Чёломджинский, Сеймчанский, Ольский, Ямский. Здесь представлены все ландшафтные системы области: от скалистых гольцов и горных тундр до пойменных высокоствольных лесов в долинах крупнейших рек. Все участки заповедника ранее почти не затрагивались хозяйственной деятельностью и могут рассматриваться как природные эталоны Магаданской области.
