Строительство порта началось в 1933 г., 9 января 1933 г. организована контора «Строительство порта бухты Нагаева».
6 декабря 1933 г. пароход «Уэлен» пришвартовался к первому деревянному причалу – 12-метровому ряжу, который соединялся дамбой с берегом.
С этого времени началась обработка грузов в порту. В 1933 г. грузооборот составил 62700 различных грузов. Официальный статус порт получил постановлением Совнаркома СССР от 29 июня 1936 г. об учреждении в бухте Нагаева Охотского моря порта Нагаево III разряда. 25 мая 1963 г. впервые в истории порта ледокол «Москва» осуществил зимнюю проводку судов, положив начало круглогодичной работе. В соответствии с приказом Министерства морского флота от 16 мая 1977 г. № 93 переименован в Магаданский морской торговый порт Дальневосточного Министерства морского флота СССР. 3 апреля 1981 г. награждён орденом «Знак Почёта». В настоящее время – ОАО «Магаданский морской торговый порт».