Музей имел отделы истории края и горной промышленности. 6 июля 1934 года музей переехал в здание бывшей комендатуры. «Здание, занимаемое музеем, — отмечалось в его первом отчёте, - представляет собой дом из 5 экспозиционных комнат, помещений мастерской, канцелярии, кладовой и комнаты для жилья сотрудников...
Заведующим музеем с марта по декабрь состоял в порядке общественной нагрузки Цезарь Маркович Крон. В декабре был назначен В. С. Качурин. Научными сотрудниками первоначально работали П. Н. Дороватовский и В. А. Злотин...» В 1935 году возле здания музея на улице Сталинской (позднее ул. Сталинская слилась с ул. Пролетарской) были высажены деревья, кустарники и травы Охотско-Колымского края, ставшие основой ботанического сада — природно-исторического памятника Магадана. В 1954 году Охотско-Колымский краеведческий музей реорганизован в Магаданский областной краеведческий музей. В 1957 году музей выпустил первый сборник «Краеведческих записок». В марте 1983 года музей переехал в новое здание по проспекту Карла Маркса. (Старое здание музея по ул. Пролетарской, 20-А уничтожено пожаром 15 марта 2015 г. )
