До создания УМГБ (в феврале 1949 г.) функции органов государственной безопасности в системе Дальстроя выполнял отдел контрразведки УМВД по ДС, который проводил всю агентурно-оперативную работу среди вольнонаёмного состава рабочих и служащих, и Отдел контрразведки 86-й дивизии конвойных войск МВД. Первым руководителем УМГБДС стал Александр Фёдорович Федаков. Вновь созданному управлению было выделено помещение клуба Дальстроя (впоследствии — клуб «Металлист»).
Районные отделы и отделения УМГБ располагались в пос. Ягодное, Сусуман, Усть-Омчуг, Усть-Нера, Нижний Сеймчан, Певек, Залив Креста, Зырянка, Адыгалах, Эге-Хая (ныне Республика Саха (Якутия)), Таскан, в сёлах Ола и Наяхан.
