Автомобиль, в котором он ехал в посёлок Ола читать лекцию, провалился под лёд залива. Шофёр не смог выбраться из машины и утонул, а Анатолий Капитонович, сумев выбраться, замёрз, не добравшись до населённого пункта.
Похоронен в Магадане. В 1969 году одна из улиц в юго-восточном микрорайоне города названа именем учёного.
![Выдающийся советский учёный-кристаллограф, минералог, геолог Анатолий Болдырев погиб 74 года назад](https://www.kolyma.ru/uploads/posts/2020-03/1584832398_kh-02-196-b.jpg)