Автомобиль, в котором он ехал в посёлок Ола читать лекцию, провалился под лёд залива. Шофёр не смог выбраться из машины и утонул, а Анатолий Капитонович, сумев выбраться, замёрз, не добравшись до населённого пункта.
Похоронен в Магадане. В 1969 году одна из улиц в юго-восточном микрорайоне города названа именем учёного.
