Под управлением областного комиссариата находится 14 военкоматов районов не только Магаданской области, но и Чукотского автономного округа. Обслуживаемая территория занимает 1 200 тысяч квадратных километров.
Организует призыв юношей на военную службу, в том числе по контракту, ведёт отбор для поступления в военные учебные заведения. Сотрудники военкомата многое делают для воспитания патриотизма у граждан, прививают молодым людям готовность защищать Отечество с оружием в руках. Для этого налажена совместная деятельность с кадетскими классами школ города Магадана, областным советом ветеранов, военным спортивно-техническим клубом «Подвиг».
