Первый начальник дороги С. Г. Горбенко, паровозно-вагонную службу возглавлял А. И. Панкин. На дороге имелось семь железнодорожных станций: Магадан, Уптар, Мыс Пограничный (Сплавная), Лесная, Красавица, Хасын, Палатка и четыре разъезда: 12-й километр, Дукча, Водяной, Хабля. Управление дороги и паровозное депо располагались в пос. Уптар.
К 1950 г. железная дорога имела 21 паровоз и 320 вагонов. Запасные части для подвижного состава изготавливали на Магаданском заводе № 2 и авторемонтном, колёсные пары выпускал Оротуканский завод. С июня 1950 г. пропускная способность дороги достигла 1000 т в сутки и обеспечивала движение двадцати пар поездов.
