Возрождение церковной жизни в епархии началось в 1989 году, когда был зарегистрирован первый православный Свято-Покровский приход в Магаданской области. В микрорайоне «Солнечный» приходом был приобретен частный дом, где после переоборудования под молитвенный дом, 21 сентября 1989 г., в праздник Рождества Пресвятой Богородицы, была совершена первая Божественная Литургия.
Первоначально приход Покрова Пресвятой Богородицы входил в состав Хабаровской епархии. По мере образования новых приходов на территории обширной Магаданской области, в состав которой входил и Чукотский автономный округ, возникла потребность в образовании самостоятельной епархии. Магаданская епархия, в которую вошли Магаданская область, Чукотский автономный округ и Камчатская область, была образована решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 31 января 1991 года. 23 февраля 1993 года из её состава была выделена Петропавловская епархия на территории Камчатской области, а 19 июля 2000 года - Анадырская епархия на территории Чукотского АО.
В 1990 году в г. Магадане началось строительство первого каменного храма в честь Сошествия Святого Духа на Апостолов. Чин освящения закладки храма произвел епископ Хабаровский Гавриил.
В настоящее время Магаданская и Синегорская епархия объединяет приходы и монастырь на территории Магаданской области. Кафедральный храм – Свято-Троицкий кафедральный собор, г. Магадан.
