Магаданская таможня создана приказом Таможенного комитета СССР от 12.09.91 № 92 «О создании новых таможенных органов» на базе таможенного поста Магаданский Петропавловск-Камчатской таможни.
Регион деятельности Магаданской таможни включает Магаданскую область (8 административных районов: Омсукчанский, Северо-Эвенский, Среднеканский, Сусуманский, Тенькинский, Ягоднинский, Ольский, Хасынский и 2 города: Магадан, Сусуман), Чукотский автономный округ (6 административных районов: Анадырский, Билибинский, Иультинский, Провиденский, Чаунский, Чукотский, административный центр г. Анадырь), акваторию вод территориального моря Российской Федерации, омывающего берега указанных административных образований.
Приказом Таможенного комитета СССР от 12.09.91 № 92 «О создании новых таможенных органов» в структуре Магаданской таможни создан таможенный пост «Сокол» и размещен в аэропорту г. Магадана. Приказом ГТК России от 01.06.2001 № 506 «О совершенствовании системы управления таможенными органами, расположенными на территории Дальневосточного федерального округа» таможенный пост переименован в таможенный пост Аэропорт Магадан (специализированный).
Таможенный пост Морской порт Магадан создан с 01.08.2003 приказом ГТК России от 08.05.2003 № 482 «О совершенствовании системы управления таможенными органами, расположенными на территории Дальневосточного федерального округа».
Анадырский таможенный пост создан в соответствии с приказом ГТК России от 07.05.2004 № 550 «О совершенствовании системы управления таможенными органами, расположенными в Дальневосточном федеральном округе».
