Во время войны был назначен начальником Особой воздушной трассы и командиром авиаперегоночной дивизии, осуществлявшей доставку американских самолетов из США в СССР в рамках ленд-лиза. Маршрут трассы Аляска-Сибирь (АЛСИБ) пролегал от Фэрбенкса над территорией Чукотки, Колымы, Якутии до Красноярска. Одним из пунктов дозаправки самолетов был Сеймчан, в Магадане и Гижиге были построены гидроаэродромы. Известно, что Илья Мазурук лично перегнал по этой трассе 50 боевых самолетов.
Всего по воздушному мосту было отправлено почти 8 тысяч военных самолетов. Илья Музурук возглавлял 1-ю перегоночную авиадивизию до июня 1944 года, после чего сдал дела и убыл к новому месту службы, однако Красноярская авиатрасса продолжала действовать до самого конца Великой Отечественной войны.
Именем летчика названа одна из старейших улиц в поселке Сеймчан.
