Организатором, первым директором и долгое время почётным директором института был академик Н.А. Шило. В отличие от существовавших уже в это время в Магадане ведомственных научных подразделений, вновь созданный институт сразу же был нацелен на решение фундаментальных проблем сначала в области геолого-геофизических, историко-археологических и социально-экономических, а затем космофизических и биологических наук.
Это позволило СВКНИИ в дальнейшем стать базой для развития академической науки на Северо-Востоке страны. В 1972 г. из института выделился Институт биологических проблем Севера (ИБПС). В 1984 г. на основе СВКНИИ был создан Институт космофизических исследований (ИКИР) с местом базирования на Камчатке, а в 1992 г. – Научно-иссле-довательский центр «Чукотка» (Анадырь), который в настоящее время является одним из подразделений института. В период с 1960 по 2008 г. в СВКНИИ было подготовлено в общей сложности более 50 докторов и 200 кандидатов наук. Из числа учёных института вышли три действительных члена и три члена-корреспондента Академии наук. Начиная с 1970-х гг. ежегодно в его стенах работали не менее 10–15 докторов и 40–50 кандидатов наук, а в начале 1980-х гг. – более 80 кандидатов наук.
Главное внимание в своей деятельности Северо-Восточный комплексный НИИ всегда уделял и уделяет фундаментальным исследованиям в области наук о Земле. В стенах института исследуются проблемы тектоники и геодинамики Северо-Востока Азии, вопросы палеовулканологии, структурного районирования Охотско-Чукотского вулканогенного пояса, особенности формирования мезозойских гранитоидных комплексов в Тихоокеанском обрамлении, разрабатываются региональные схемы стратиграфии осадочных и вулканогенно-осадочных толщ, решаются проблемы геологического времени, геоморфологии, палеоклимата, фундаментальные проблемы рудообразования и металлогении.
Основные направления прикладной деятельности института неразрывно связаны с сырьевой спецификой региона и ориентированы на преимущественное развитие исследований рудно-россыпного, инженерно-геологического и социально-экономического профиля. В минувшие годы были проведены и получили широкое признание исследования по геологии, минералогии, геохимии и условиям формирования россыпных и рудных месторождений золота, серебра, ртути, олова, вольфрама, платиноидов. Большой интерес у научного сообщества и руководителей нефтегазового комплекса страны вызвали результаты работ по перспективной оценке запасов углеводородного сырья на территории Северо-Востока и по проблемам гидрогеологии региона.
Социально-экономические разработки, выполненные в стенах института, широко использовались при определении направлений развития хозяйственного комплекса региона. Важное место в программных работах института всегда занимали исследования историко-археологического и этнографического направлений, организатором которых был известный учёный, член-корреспондент РАН Н.Н. Диков.
Особенностью почти всех направлений исследований геолого-геофизического и этнографо-археологического профиля в институте является то, что они не могут развиваться без регулярного проведения полномасштабных полевых работ. В 1960–80-х гг. ежегодно проводилось по 25–30 экспедиций (в том числе и международных), причём не только на территории Магаданской области, но и за её пределами – начиная от Таймыра и Новосибирских островов на севере и кончая Камчаткой и Приморьем на юге, учёные института почти ежегодно принимали участие в морских экспедициях в бассейнах Тихого и Индийского океанов. Сейчас в «поле» ежегодно выезжает от 3 до 5 отрядов. Среди исследований, непосредственно связанных с решением прикладных задач, нельзя не упомянуть и создание сейсмологической службы, позднее отделившейся от института, насчитывавшей 19 станций, расположенных на территории Северо-Востока.
К началу 1980-х гг. СВКНИИ обладал достаточно сильным научным потенциалом и мощной лабораторно-аналитической базой, укомплектованной новейшей аппаратурой. Активно развивались и укреплялись деловые связи научных сотрудников института не только с советским, но и с мировым научным сообществом. Президиум Верховного Совета СССР за заслуги в развитии науки и подготовке научных кадров Указом от 29 мая 1981 г. наградил Северо-Восточный комплексный научно-исследовательский институт Дальневосточного научного центра Академии наук СССР орденом «Знак Почёта».
Магаданская наука не потеряла творческий потенциал. К настоящему времени в институте созданы достаточно мощные аналитическая и компьютерная базы, отвечающие современным стандартам. Сейчас в 14 научных подразделениях института успешно трудятся 80 научных сотрудников, среди которых 11 докторов и 32 кандидата наук. Возглавляет институт член-корреспондент РАН, профессор Н.А. Горячев. Сотрудники института ежегодно выступают с докладами на международных мероприятиях, проводимых как в России, так и за рубежом, участвуют в региональных и всероссийских совещаниях и конференциях. Магаданские учёные проводят совместные исследования в рамках договоров о научном и техническом сотрудничестве между Россией и другими странами, сотрудничают со специалистами США, Канады, Японии, Китая, Австралии, Германии, Австрии, Монголии, Аргентины. Одно из наиболее интересных направлений – работа по начавшемуся в 1999 г. международному проекту по изучению озера Эльгыгытгын на Чукотке.
Институт – обладатель одной из лучших на Дальнем Востоке научной библиотеки. В 1960 г. она состояла из 2 тысяч книг, размещённых на площади 40 м2. В 1998 г. библиотека была переведена в новое здание, и ныне в ней насчитывается более 400 тысяч экземпляров, а общая площадь читальных залов и книгохранилищ превышает 800 м2.
Музей естественной истории – особая гордость института, здесь на площади 400 м2 хранятся и экспонируются крупные коллекции геолого-минералогического и этнографо-археологического отделов, представляющие собой уникальный научный материал, отражающий и сложную геологическую историю развития Северо-Востока, и историю человеческих культур этой территории. Музей вызывает неизменный интерес у колымчан и гостей города Магадана.
В последние годы в СВКНИИ был проведён ряд международных и региональных конференций и совещаний: в 1996 г. – Международная конференция «Северная экономика и радикальная реформа», в 1997 г. – конференции «Золотое оруденение и гранитоидный магматизм Северной Пацифики» и «Российский Север и федерализм: поиск новой модели». Начиная с 2000 г. периодически проходит региональная научно-практическая конференция «Диковские чтения»; в 2006 г. проведена Дальневосточная региональная конференция, посвящённая памяти выдающегося исследователя Северо-Востока А.П. Васьковского («Геодинамика, магматизм и минерагения континентальных окраин Севера Пацифики»); в 2007–2008 гг. – региональные конференции молодых учёных «Научная молодёжь – Северо-Востоку»; в 2007 г. – Всероссийская конференция «Чтения памяти академика К.В. Симакова»; в 2008 г. – Всероссийская конференция «Современные информационные технологии для научных исследований» и международный горно-геологический форум «Золото северного обрамления Пацифика».
