Магаданский областной краеведческий музей организован 30 марта 1934 года на базе коллекции первой краеведческой выставки, приуроченной к I съезду колхозников Колымы, которая работала с 9 по 14 февраля. Фонд музея на момент создания составлял 600 предметов, представляющих этнографию эвенов и якутов, естествено-исторических материалов, собранных энтузиастами-дальстроевцами Охотско-Колымского краеведческого кружка, организованного в 1933 году. Первым заведующим музеем стал Цезарь Маркович Крон - активный участник кружка, организатор первой краеведческой выставки.
Охотско-Колымский краеведческий музей развернул активную работу по формированию музейной коллекции и распространению краеведческих знаний, благодаря активу из геологов, горняков, строителей, педагогов, врачей, людей самых разных специальностей, фонды пополнялись редкими материалами по истории Колымы. Как видно из отчетов музея, на 1 января 1936 года музейная коллекция вставляла 3 600 предметов.
С 1936 по 1952 гг. директором музея был Александр Полуэктович Хмелинин. при нем заложен ботанический сад музея, где проводились опыты по акклиматизации астений. Научные исследования музея в области растениеводства имели значительное значение в годы Великой Отечественной войны.
Естественно-историческая коллекция, формируемая с первых дней, представляет разнообразие видов животных и растений с древнейших времен - от эмонтовой фауны - до настоящих дней, образцами горных пород и минералов с месторождений полезных ископаемых края.
С 1946 г начинает активно пополняться археологическая коллекция музея сотрудники музея принимали участие в археологических экспедициях на Колыму и Охотское побережье, организованные Академией наук СССР. В 1955-1961 гг музеи водил собственные экспедиции на Охотское побережье, в результате которых была впервые полно охарактеризована культура древних коряков Регулярные геологические исследования возобновились в 1985 г, охватывая обширные территории Западной Чукотки и Северного Приохотья. В фонды музея поступили уникальные материалы эпох палеолита и неолита.
С образованием Магаданской области 3 декабря 1953 г. Охотско-Колымский краеведческий музей переименован в Магаданский областной краеведческий музей.
Первые этнографические экспедиции музея в Ольский и Севере—Эвенский районы Магаданской области состоялись в 1954 г. Организовала и возглавила их этнограф Анна Васильевна Беляева, директор музея с 1967 по 1975 гг., заслуженный работник культуры РСФСР. Этнографические исследования остаются одним из приоритетных направлений работы музея и в настоящее время. Предметы материальной и духовной культуры эвенов, юкагиров, якутов, коряков, чукчей, эскимосов составляют одну из самых интересных коллекций музея.
В музее собраны уникальные материалы по истории сталинских репрессий на территории края. Выставка «Колыма-Севвостлаг» стала одной из первых подобных экспозиций в России. Ежегодно научные сотрудники музея выезжают на места бывших лагерей для пополнения фондов и проведения фото- и видеосъемок.
Художественное собрание объединяет более 5 тысяч произведений живописи, графики, скульптуры, декоративно-прикладного искусства. Особое место в нем занимает творчество магаданских авторов, в том числе репрессированных художников. Коллекция резной и гравированной кости является одной из крупнейших на Дальнем Востоке.
С 1957 по 1993 г. музей издавал сборник «Краеведческие записки». Регулярно выпускает книги, плакаты, буклеты краеведческой тематики.
Магаданский областной краеведческий музей является одним из крупнейших научно-просветительских учреждений Северо-Востока. С 1975 г. музей возглавляет Сергей Григорьевич Бекаревич, заслуженный работник культуры России.
С 1983 г. музей занимает специально построенное для него здание общей площадью 4 300 кв. м. Экспозиционная площадь составляет около 1 700 кв. м. В настоящее время Фонды Магаданского областного краеведческого музея насчитывают свыше 250 тысяч единиц хранения.
Фонд научной библиотеки - около 20 тысяч единиц хранения.
В музее работают шесть постоянных экспозиций. В выставочном зале ежегодно экспонируются 6-8 временных выставок. За последние 20 лет организовано около 150 выставок, среди них: художественная выставка «Современное искусство Аляски» (Анкоридж, США), выставка произведений Н.К. Рериха (Москва), «Восточная коллекция», «Японская гравюра» (Иркутск), «История в лицах» (Санкт-Петербург), «Пасха Христова» (Москва), выставки из фондов музея, а также совместно с Магаданской организацией Союза художников РФ.
Посетителям музея предлагаются обзорные, тематические экскурсии для взрослых и детей, беседы и слайд-фильмы, специальные образовательные программы для дошкольных и средних учебных заведений
