Самостоятельная Магаданская епархия, в которую вошли Магаданская область, Чукотский автономный округ и Камчатская область, была образована решением Священного Синода РПЦ от 31 января 1991 г.
23 февраля 1993 г. из её состава была выделена Петропавловская епархия на территории Камчатской области, а 19 июля 2000 г. – Анадырская епархия на территории Чукотского АО. В настоящее время Магаданская и Синегорская епархия объединяет приходы и монастырь на территории Магаданской области. Кафедральный храм – Свято-Троицкий кафедральный собор в Магадане.
