Вначале оно базировалось в пос. Лабуе Среднеколымского района. Первым руководителем КИУРТа назначен тов. Зыков.
В 1933 году КИУРТ реорганизовано в Колымское речное управление Дальстроя (КРУ ДС). 25 сентября 1935 года руководство пароходства было переведено в Старую Зырянку (приказ по Дальстрою от 17.09.1935 № 320), а Лабуя стала ремонтной базой. В 1936 году КРУ ДС переведено в Новую Зырянку, удобно расположенную для судоходства в устье р. Ясачной. Основу колымского флота составили построенные в г. Киренске и переведённые с р. Лены колёсные пароходы «Якут» и «Партизан».
