Во все годы сотрудники музея и его руководители были людьми увлеченными, талантливыми, высокообразованными. Первым общественным директором музея стал Цезарь Маркович Крон, затем учреждением с постоянно возрастающей популярностью руководила Лидия Яковлевна Наровчатова, мать известного впоследствии поэта Сергея Наровчатова. С 1936 по 1952 год директором Охотско-Колымского краеведческого музея был Александр Полиевктович Хмелинин, которому принадлежит инициатива создания ботанического сада на территории музея, где проводились опыты по акклиматизации растений.
Свое нынешнее название музей получил при образовании Магаданской области в 1953 году. В 1950-е годы жизнь учреждения была насыщенной: музей проводил собственные экспедиции на Охотское побережье, Колыму. В 1954 году состоялась первая этнографическая экспедиция, которую организовала Анна Васильевна Беляева, позже возглавившая и музей. Ее дело продолжил историк Сергей Григорьевич Бекаревич, а затем, с 2014 года - доктор исторических наук, профессор, археолог Александр Александрович Орехов. Силами руководства и коллектива сегодня музейное собрание насчитывает свыше 270 тысяч единиц хранения, работают четыре постоянных экспозиции: «Люди земли и моря», «Мир камня», «Колыма. Севвостлаг», «Природа Севера». Последняя недавно обновилась: заместитель председателя Магаданской областной Думы Игорь Донцов передал в дар музею чучела снежного барана, тундрового волка и дикого северного оленя. Ежегодно колымский музей организует 10 временных выставок, в том числе совместные проекты с музеями других регионов России.
Председатель Магаданской областной Думы Сергей Абрамов поблагодарил коллектив музея за сотрудничество с заксобранием и правдивое представление истории становления региона: «85 лет - срок почтенный. За этот период музей стал уникальным научным, образовательным и просветительским учреждением. Всего на 1700 квадратных метрах выставочных площадей расположен очень значительный временной период: от раскопок первого тысячелетия до нашей эры до современной жизни региона». Спикер заксобрания вручил директору музея Александру Орехову памятный адрес и сувенир, а также наградил сотрудников учреждения.
За особый вклад в социально-экономическое развитие Магаданской области и многолетний добросовестный труд почетной грамоты регионального парламента удостоен главный научный сотрудник экспозиционно-исследовательского отдела Александр Навасардов. Благодарственными письмами Магаданской областной Думы поощрены экскурсовод Валентина Зубкова, главный научный сотрудник экспозиционно-исследовательского отдела Игорь Воробей, заведующая художественно-оформительским отделом Виктория Фадеева, специалист экспозиционно-выставочного отдела Любовь Курилович и дизайнер художественно-оформительского отдела Ирина Павловская.
Ежегодно музей посещают более 17 тысяч человек, 12 тысяч из которых – дошкольники и учащиеся. С каждым годом музей становится всё более открытым для колымчан: двери распахиваются в День рождения учреждения, в Ночь музеев и Ночь искусств, регулярно проводятся экскурсии, мастер-классы, лекции, беседы, а также различные акции, интеллектуальные турниры и теперь даже танцевальные хип-хоп баттлы. Музей открывается для нового и при этом остается верен лучшим традициям музейного дела.
