Сведения о морском порте Магадан внесены в Реестр морских портов Российской Федерации.

МАГАДАН. КОЛЫМА-ИНФОРМ. В соответствии с пунктом 5.4.5 Положения о Федеральном агентстве морского и речного транспорта, утвержденного Постановлением Правительства Российской Федерации от 23 июля 2004 года № 371, и Порядком ведения Реестра морских портов Российской Федерации, утвержденным Приказом Министерства транспорта Российской Федерации от 1 апреля 2009 года № 51, распоряжением Федерального агентства морского и речного транспорта Российской Федерации от 18 ноября 2009 года № АД-235-р сведения о морском порте Магадан внесены в Реестр морских портов Российской Федерации, и ему присвоен порядковый регистрационный номер Т-3

Магаданский филиал ФГУП «Росморпорт» был образован в ноябре 2003 года на основании приказа ФГУП «Росморпорт» от 05.11.2003 № 32/ОД, которым было утверждено Положение о Магаданском филиале ФГУП «Росморпорт».
В ноябре 2003 года Магаданский филиал ФГУП «Росморпорт» был поставлен на налоговый учет в Межрайонной ИМНС России № 1 по Магаданской области.
В соответствии с распоряжениями Минимущества России от 8.04.2004 № 1379-р и от 05.05.2004 № 1589-р федеральное имущество, изъятое у ФГУ «Морская администрация порта Магадан», было передано на праве хозяйственного ведения ФГУП «Росморпорт», а затем на основании приказа ФГУП «Росморпорт» от 2.07.2004 № 139б/ОД закреплено за Магаданским филиалом ФГУП «Росморпорт».
Согласно распоряжению Росморречфлота от 30.06.2004 № ВР-31-р с 1 июля 2004 года Магаданский филиал ФГУП «Росморпорт» начал взимать портовые сборы и вести активную производственно-хозяйственную деятельность в морском порту Магадан.
В июле 2004 года приказом ФГУП «Росморпорт» от 01.07.2004 № 225/к первым директором Магаданского филиала ФГУП «Росморпорт» был назначен Коржицкий Николай Леонтьевич.
В мае 2005 года приказом ФГУП «Росморпорт» от 23.05.2005 № 204/ОД Положение о Магаданском филиале ФГУП «Росморпорт» было утверждено в новой редакции. Согласно внесенным изменениям был расширен перечень видов деятельности, которые может осуществлять Магаданский филиал ФГУП «Росморпорт».
В мае 2008 года приказом ФГУП «Росморпорт» от 16.04.2008 № 81/к Н.Л. Коржицкий был освобожден от занимаемой должности по соглашению сторон. Приказом ФГУП «Росморпорт» от 15.04.2008 № 84/к исполняющим обязанности директора Магаданского филиала назначен Ночной Евгений Михайлович.
В сентябре 2008 года приказом ФГУП «Росморпорт» от 29.08.2008 № 290/к Е.М.Ночной был назначен на должность директора Магаданского филиала ФГУП «Росморпорт», которую занимает и в настоящее время.
Сегодня Магаданский филиал ФГУП «Росморпорт» является ключевым транспортным предприятием в морском порту Магадан, обеспечивая круглогодичное функционирование морского порта, стратегического для транспортного обеспечения Магаданской области. Несмотря на то, что трудовой коллектив Магаданского филиала ФГУП «Росморпорт» составляет 30 человек, с использованием закрепленного за филиалом федерального имущества, Магаданский филиал ФГУП «Росморпорт» предоставляет широкий перечень услуг в морском порту Магадан, в том числе, в первую очередь, услуги по безопасному судоходству в акватории морского порта Магадан и на походах к нему в соответствии с высокими международными стандартами.

Представители Магаданского филиала входят в состав различных координационных и совещательных региональных органов. Так, директор Магаданского филиала ФГУП «Росморпорт» в соответствии с распоряжением Губернатора Магаданской области от 14.12.2005 № 861-р входит в состав Совета по морской деятельности при Губернаторе Магаданской области, постановлением администрации Магаданской области от 04.09.2008 № 345-па директор Магаданского филиала ФГУП «Росморпорт» включен в состав Межведомственной комиссии при администрации Магаданской области по подготовке и реализации документов территориального планирования Магаданской области.