20 лет назад (1991) согласно приказу Государственного таможенного комитета СССР №92 Магаданский таможенный пост реорганизован в самостоятельную Магаданскую таможню

МАГАДАН. КОЛЫМА-ИНФОРМ. В зону контроля входит вся административная территория Магаданской области. С 1993 г. имеет статус правоохранительного органа.

В 1993-1995 гг. в таможне были организованы функциональные подразделения, осуществляющие таможенное оформление и таможенный контроль, взимание и перечисление таможенных платежей, при необходимости их принудительное взыскание, ведение таможенной статистики, а позднее контроль таможенной стоимости и валютный контроль, нетарифный и экспортный контроль, ведение товарной номенклатуры, контроль за доставкой товаров, осуществление оперативно-дежурной службы и таможенной охраны. На базе отдела по борьбе с контрабандой были организованы специализированные отделы, осуществляющие оперативную работу, расследование по административным делам о нарушениях таможенных правил и дознание по подведомственным уголовным делам.

Рост числа выявляемых правонарушений привел к созданию подразделения, обеспечивающего исполнение постановлений по административным делам и работу с товарами, обращёнными в собственность государства. Для проведения инспекционных проверок соблюдения участниками ВЭД таможенного законодательства в структуре таможни был создан отдел таможенной инспекции. С момента вступления в силу Федерального закона «Об особой экономической зоне в Магаданской области» создан пункт пропуска на границе зоны таможенного контроля, расположенный на 83-м км основной трассы в районе поселка Палатка.

В 2008 г. в штат было включено дополнительное должностное лицо, отвечающее за работу по защите прав интеллектуальной собственности.